@MASTERSTHESIS{ 2017:722986869,
 	title = {GATOOL - Genome Assembly Tool: uma ferramenta web para montagem de genomas bacterianos},
 	year = {2017},
 	url = "http://localhost:8080/tede/handle/tede/513",
 	abstract = "A montagem de genomas bacterianos é um processo de reordenação de fragmentos, de forma que se possa representar o genoma original. Entretanto, para que a montagem de um genoma seja realizada visando maximizar os resultados, é preciso que algumas etapas sejam cumpridas, por exemplo: a análise dos fragmentos, o pré-processamento destes fragmentos e novamente uma repetição do processo de análise, para verificar a eficácia do pré-processamento realizado. O processo de montagem de genomas é uma etapa complexa, que envolve o tipo de sequenciamento que foi utilizado. Existem diversos tipos de sequenciadores, o que implica características distintas em cada um, como por exemplo: tamanho dos fragmentos, quantidade de fragmentos gerados por corrida, dentre outros. Analisando essas características, faz-se necessária a utilização de diversas ferramentas computacionais para auxiliar a todos os processos citados anteriormente e, como a gama de softwares disponíveis é bem ampla e distinta, é importante que o usuário domine essa diversidade computacional, contendo muitas vezes conhecimentos que não são da área biológica, implicando menos tempo para um aprofundamento das questões biológicas. Com base neste contexto, propõem-se um pipeline para a realização da análise de fragmentos, pré-processamento dos fragmentos, montagem de genomas e orientação de contigs, tendo como a montagem o objetivo principal do pipeline e este será gerenciado por uma aplicação web chamada GATOOL (Genome Assembly Tool). Visando avaliar o desempenho da aplicação, foram feitos testes com duas amostras de organismos procariontes, que são: Bacillus amyloliquefaciens e Serratia marcescens. Também foram realizados testes com sete amostras SRA. Ambos os organismos estão sequenciados na plataforma Ion PGMTM. Os montadores usados foram o SPAdes e o Velvet, ambos montadores, utilizam o algorítmo grafo de Bruijn como paradigma para a montagem do genoma; após esta etapa, o conjunto de contigs resultante foi ordenado através do CONTIGuator, que é uma ordenação por referência. Observamos que a interface GATOOL permitiu uma execução rápida e fácil de diversas etapas e processos no campo da montagem de genomas, inclusive realizando a montagem de duas espécies procariontes de maneira automatizada, facilitando assim a utilização e realização de tais processos por qualquer usuário.",
 	publisher = {Universidade Estadual de Feira de Santana},
 	scholl = {Mestrado em Computação Aplicada},
 	note = {DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS EXATAS}
}